Igangværende forskningsprojekter

Gregers Rom Andersen: Strukturbestemmelse af initierings‑ og elongeringsfaktorer fra proteinbiosyntesen i gær og mennesker, strukturbestemmelse af komplementfaktorer fra humant plasma samt strukturbestemmelse protein‑RNA‑komplekser involveret i RNA‑kvalitetskontrol. Hertil anvendes krystallografiske metoder, men der samarbejdes samtidig med andre forskergrupper, som anvender gærgenetik (T. Kinzy, UMDNJ, NJ USA), cryo‑EM (R. Beckmann, Berlin), small angle x‑ray scattering (J.S. Petersen, KI, Århus) og andre biofysiske metoder til at studere makromolekylers struktur og funktion.

Peter A. Andreasen: Funktionelle og strukturelle studier af proteaser og deres inhibitorer i relation til kræftsygdomme. Østrogenreceptorers konformationelle ændringer.

Birgitta Ruth Knudsen og Ole Westergaard, Lotte Bjergbæk, Anni Hangaard Andersen: Undersøgelse af DNA‑topoisomerasers struktur og funktion samt protein‑protein interaktioner. Anvendelse af DNA‑topoisomeraser som det primære mål for kræftkemoterapeutika. Undersøgelse af DNA‑topoisomerasers betydning for transskription og RNA‑splejsning. Undersøgelser af DNA‑centromerer som et nyt mål i kræftbehandling. Studier af DNA‑topoisomerasers cellulære funktion incl. funktionen af topoisomerase II ved centromerregionen i mammale kromosomer. Udvikling af nye mammale vektorsystemer baseret på gær 2 microncirklen. Betydningen af DNA‑topoisomeraser og RecQ‑helikaser i cellulær aldring og kræftudvikling. Undersøgelse af replikationsgaflens stabilitet ved DNA‑beskadigelse. Strukturelle og mekanistiske ligheder mellem topoisomeraser og rekombinaser. Anvendelse af rekombinaser til specifik "gene targeting" i mammale systemer. Anvendelse af DNA og specifikke DNA‑strukturer i fremstillingen af nanosensorer samt nanoboxe til specifik "drug delivery".

Vilhelm A. Bohr og Tinna Stevnsner: DNA‑reparationssystemernes forandring med alderen. Oxidative DNA‑skader og mitokondriel DNA‑reparations rolle i aldringsprocessen.

Bjarne Juul Bonven: Transskriptionel aktivitet og kromatinstruktur.

Ditlev Egeskov Brodersen: Strukturelle studier af RNA‑editering og RNA‑metabolisme i både pro‑ og eukaryoter. RNA‑turnover i den eukaryote kerne og cytoplasma, samt i mitokondrier. RNA‑degradering på ribosomet. Der arbejdes med kloning of oprensning af centrale faktorer involveret i disse processer, samt biokemisk karakterisation med henblik på strukturbestemmelse vha. røntgenkrystallografi.

Brian F.C. Clark, Charlotte Rohde Knudsen, Suresh Rattan og Peter Kristensen: Strukturelle og funktionelle studier af vekselvirkningen mellem proteiner og nukleinsyrer ved hjælp af biokemiske og genetiske metoder. Studier af interaktioner mellem proteiner ved hjælp af 'phage display'. Kontrol af eukaryotisk proteinbiosyntese og forbindelse med cancer. Studier over den molekylære mekanisme som forårsager aldringsprocessen. Analyse af genekspression ved dual‑phage display‑teknologi.

Jan J. Enghild: Extracellular superoxiddismutase. Lungefibrose og blodprop i hjernen er bl.a. karakteriseret ved produktion af frie radikaler. Forståelse af de mekanismer der medfører skader på lunge‑ og hjernevæv. Proteiner og kulhydrater i hornhinden. Corneal dystrophy. Mekanismerne bag denne patologiske protein‑ og kulhydratakkumulering. Struktur og funktion af proteaser og deres inhibitorer.

Jan J. Enghild og Torsten Kristensen: Proteolytisk processing af extracellulær superoxiddismutase. Undersøgelser af ECSOD (Extracellulær superoxid dismutase) som substrat for intracellulære proteaser. Kloning og ekspression af muse ecsod og af humant carboxypeptidase U variant 2 i mammale and insektcelle ekspressionssystemer med henblik på bestemmelse af den 3 dimensionale struktur af ecsod og carboxypeptidase U. Proteinkemisk og enzymatisk karakterisation af rekombinant carboxypeptidase Uvar2. Proteinkemisk karakterisation af mutanter af humant bigh3 udtrykt i mammale celler. Substratspecificiteten af humant insulin reguleret aminopeptidase. Humane cellelinjers tolerance over for optagelse af transumættede fedtsyrer. Strukturundersøgelser af forskellige aquaporiner (aqp1,‑2,‑3,‑4 og ‑9). Characterization of enzymes present in the insect eating plant Venus flytrap. Karakterisation af active site i oxytocinase samt bestemmelse af oxytocinasens substratspecificitet. Alpha1‑mediated vascular effects of antipsychotic drugs.

Michael Etzerodt og Hans Christian Thøgersen: Protein‑engineering baserede studier af multidomæneproteiners struktur og funktion. Karakterisering af den strukturelle basis for receptor‑ligand interaktioner mellem receptorer af LDL‑familien og deres ligander. Struktur‑ og biofysisk karakterisering af holo‑ og apoformer af C‑type lektiners ligandbindingsdomæner. Udvikling og karakterisering af sekvensspecifikke proteaser med anvendelser inden for processering af rekombinante proteiner. Studier i generalisering af C‑type lektiners ligandbindingssites med henblik på etablering af grundlag for udvikling af C‑type lektinbaserede antistofanaloger.

Sergey Fedosov: Struktur og funktion af cobalaminbindende proteiner. Tre specifikke proteiner (intrinsic factor, transcobalamin og haptocorrin) transporterer cobalamin (vitaminet B12) i kroppen. Mekanismer bag genkendelsen af de rigtige former af cobalamin undersøges på to rekombinate proteiner (intrinsic factor, transcobalamin). Der afprøves udtrykning af det tredje protein (haptocorrin). Brug af fluorescerende analoge i bindingsforsøg testes. Kortlægning af epitoper og funktionalle domæner i sekvenser af transcobalamin og intrinsic factor er i gang. Interaktion af de specifikke proteiner og deres fragmenter med de tilsvarende receptorer undersøges. Krystallisering af transcobalamin er i gang i samarbejde med universitetet i Triest. Der udvikles de nye B12 bindene stoffer, som kan bruges for affinitetsoprensning af vitaminet og B12 måling.

Ernst‑Martin Füchtbauer: Udvikling af en kombineret celle‑ og genterapi for Duchenne muskelsvind med hjælp af musen som er muteret i DMD‑genet. Funktionelle analyser af gener som regulerer celledeling og celledød under fosterudvikling og tumordannelse.

Kirsten Gausing: Vegetativ udvikling i byg. Funktion og kontrol af ekspression af transskriptionsfaktorgener, der medvirker ved dannelsen af bladanlæg og den tidlige udvikling af blade og bladanaloger.

Rune Hartmann: Structure and function of the Oligoadenylate synthetase family of antiviral proteins. Mechanism of signaling of the interferon lambda receptor.

Christian Würtz Heegaard: Struktur‑funktionsanalyse af det kolesterolbindende protein EPV20's indflydelse på postlysosomal kolesteroltransport. Lactadherins phosphatidylserin bindende egenskaber studeres in vitro og in vivo med henblik på, at introducere en ny noninvasiv imaging agent til detektion af apoptose (sidstnævnte projekt i samarbejde med Lise Falborg og Michael Rehling, Aarhus Universitetshospital, Afdelingen for Klinisk Fysiologi og Nuklearmedicin; Michael R. Horsman og Jan Alsner, Århus Universitetshospital, Afdeling for Eksperimentel Klinisk Onkologi; Gary E. Gilbert, Harvard Medical School, Boston, MA, USA; Jan Trige Rasmussen, Molekylærbiologisk Institut, AU).

J. Peter Hjorth: Molekylærbiologiske undersøgelser af det genetiske grundlag for menneskets leukæmi og visse autoimmune sygdomme ved produktion og undersøgelser af transgene mus.

Jan Egebjerg Jensen: Molecular mechanisms of RNA editing. Molecular pharmacology and dynamics of ionotropic glutamate receptors. Regulation of glutamatergic neurotransmission.

Erik Østergaard Jensen: Biologisk nitrogenfiksering; struktur og funktion af transskriptionsfaktorer, der er udtrykt i rodknolde; funktionen af hæmoglobin i symbiotiske og ikke‑symbiotiske planter. Inaktivering af genfunktion ved antisenseteknologi. Udtryk af humane proteiner i planter.

Jens Stougaard Jensen: Genetisk kortlægning og map‑baseret kloning af gener der styrer dannelse of rodknolde eller frø hos model planten Lotus japonicus . Molekylærbiologisk og biokemisk analyse af receptorer, signal‑tranduktionspathways, transskriptionsfaktorer samt gener der styrer planteudvikling og celledifferentiering.

Torben Heick Jensen: Transcriptome analysis using tiling microarrays. mRNP surveillance in mammalian cells RNA 3'end formation and nuclear export in yeast. Connection between yeast THO complex and 3'end formation. Characterization of RRP6 suppressors. Link between ubiquitin and mRNA export in yeast Nucleolar function in mRNA export? Biogenesis and metabolism of CUT RNAs in yeast. Function of yeast Lsm complex in mRNA surveillance.

Torben Heick Jensen og Ditlev Brodersen: Structure and function of RNA degradation factor Rrp6p.

Torben Heick Jensen og Jørn Koch: RNA detection in situ using padlock probes.

Torben Heick Jensen og Bjarne Bonven: Chromatin structure and yeast mRNP biogenesis.

Torben Heick Jensen og Jørgen Kjems: Connection between RNA Quality and transcription.

Torben Heick Jensen og Anders Lade Nielsen: Chromatin structure and human mRNP biogenesis. Alternative polyadenylation/splicing in neuronal cells.

Torben Heick Jensen og Finn Skou Pedersen: Viral RNA transport and packaging in yeast.Viral restriction at the level of RNA decay. Real time imaging of viral RNA transport.

Bjarne Jochimsen: Udvikling af frø og lagerproteiner hos model bælgplanten Lotus japonicus , analyseret ved proteomics, samt funktionel genomics hos mikrosymbionten Mesorhizobium loti .

Just Justesen: Translation og interferoners virkningsmekanismer. Struktur og funktion af de humane proteinsyntesetermineringsfaktorer eRF1, eRF3a og eRF3b studeres ved in vitro ‑ og in vivo ‑målinger af deres aktivitet i forskellige celletyper under forskellige forhold. Konsekvenser af defekter i termineringsreaktionen undersøges. De interferoninducerede proteiner 2‑5A‑syntetase og tryptophanyl‑tRNA syntetase interagerer med nukleotider og med cellulære, virale og kunstige RNA‑molekyler. Systemet er en del af den antivirale mekanisme, men spiller en betydende rolle i cellevækstkontrol, i apoptose, og i angiogenese. Stress og heat‑shock proteiner i Drosophila melanogaster .

Poul Jørgensen: Leukæmicellens molekylære biologi. Transskriptionen i eukaryote celler.

Morten Kjeldgaard: Røntgenkrystallografiske undersøgelser af terminering af proteinsyntesen, herunder strukturelle undersøgelser af RF2, RF3, og komplekset mellem eRF1 og eRF3. Struktur og funktion af proteinfaktorer som vekselvirker med ribosomet, og deltager i eller påvirker proteinsyntesen, herunder tetracyclin‑resistens faktoren tetM. Strukturelle undersøgelser af proteinfaktorer som påvirker niveauet af midi‑chlorians i levende celler.

Jørgen Kjems: Regulering af mRNA‑splejsning, koblingen mellem transskription og RNA‑processering, posttransskriptionel regulering af HIV‑1 genekspression, RNA‑interferens (RNAi), microRNA‑ekspressionsanalyse og funktionsbestemmelse, udvikling af siRNA‑vektorer, antisense og siRNA‑terapeutika, drug delivery, nanobiosensorer.

Peter Kristensen: Molekylær evolution ved anvendelse af 'phage display'‑teknikken. Isolering af antistoffer genkendende molekyler, der er specifikt udtrykt af bestemte celletyper, hovedsagligt med relation til tumor invasion, angiogenesis, føtal cellediagnostik, epidermal karakterisering samt identifikation af aktiveringssignaler i forbindelse med ledegigt. Dirigeret evolution af proteinstabilitet og enzymatisk aktivitet. Isolering af antistoffer, der kan anvendes som markører for alderdom. Etablering og selektion af phage‑antistof‑biblioteker fra patienter tidligere inficeret med SARS‑CoA‑virus til forbedret diagnostik og terapi.

Torsten Kristensen: Transfection of 3T3‑L1‑adipocytes with IRAP and the effect on the glucose metabolism (Professor, E. J. Verspohl, Westfälische Wilhelms‑Universität Münster, Institut für Pharmazeutische und Medizinische Chemie, Tyskland). Kloning og etablering af cellelinjer, som stabilt udtrykker adrenoceptorer. Undersøgelse af effekten af antipsykotiske midler på adrenoceptorer (samarbejde med M.J.Mulvary, Pharmakologisk Institut og Lundbeck).

Pia Møller Martensen: Regulering og funktion af ISG12‑familien af proteiner, en gruppe af interferon opregulerede membran‑proteiner. Der fokuseres på disse proteiners funktion i cellen, samt deres rolle under virusinfektion og i udvikling af kræft.

Kim Kusk Mortensen og Hans Uffe Sperling‑Petersen: Undersøgelse af funktionen af initieringsfaktor IF2, herunder vekselvirkningen med ribosomer og andre makromolekyler, betydningen af kuldechok for ekspressionen og aktiviteten af IF2 i enterobakterier samt aktivitet ved ekstreme vækstbetingelser. Strukturbestemmelse af IF2 og domæner af IF2. Phylogenetiske rekonstruktioner baseret på DNA‑ og aminosyresekvenser af infB og IF2. Undersøgelse af eksistensen af IF2 i andre mikroorganismer end E.coli   ‑ herunder om der er flere former/tandemtranslation Karakterisering af epitoper og funktionelle sites i IF2‑ og IF2‑domæner ved hjælp af monoklonale antistoffer. Immunkemiske analyser af det cellullære indhold af translationsfaktorer. Artsspecifik inhibering af mikrobiel proteinsyntese. Undesøgelser af bIF2 som universelt target protein for nye drugs. Oprensning og karakterisering af xylanaser fra extremofile prokaryoter. De novo‑ design af ikke‑naturlige metalloenzymer ved hjælp af 'phage display'‑teknik. Udvikling af teknologier til heterolog ekspression og downstream processing. Fremstilling af monoklonale antistoffer samt udvikling af immunkemiske metoder.

Poul Nissen: P‑type ATPaser‑pumper, neurotransmitter transportere, vps10p‑receptorer, eukaryote ribosomer og RACK1‑protein, EF‑Tu:antibiotikumkomplekser.

Jens Nyborg: Strukturelle studier af mitochondrielle elongeringsfaktorer EF‑Tu og EF‑Ts.

Claus Oxvig: Struktur‑ og funktionsstudier af metalloproteinaser af pappalysinfamilien og af disses naturlige substrater og inhibitorer. Cellebiologiske studier af proteolytisk vækstregulering.

Finn Skou Pedersen: Molekylærbiologi af retrovirus, herunder studier af virusfunktioner og virus‑værtsinteraktioner ved retroviral replikation, kontrol af retroviral genekspression, udvikling af retrovirale vektorer og retrovirale vektorbiblioteker samt analyse af de molekylære mekanismer ved retroviral patogenese; biokompatibilitet og biointegration af implantater.

Lene Pedersen: Struktur‑funktionsanalyse af type III natrium‑afhængige fosfattransportere/retrovirale receptorer. Type III natrium‑afhængige fosfattransportere i osteoblastisk differentiering herunder transdifferentiering af vaskulære glatte muskelceller. Retrovirale infektionsmekanismer. Genoverførsel til primære humane hæmatopoietiske stam‑/forstadieceller. Regenerativt potentiale af humane hæmatopoietiske stamceller.

Torben Ellebæk Petersen: Oprensning og karakterisering af proteiner fra fysiologiske væsker specielt mælk samt struktur og funktion af vitamin‑bindende proteiner.

Carsten Poulsen: Biologisk nitrogenfiksering. Signaltransduktion ved cellulær differentiering i højere planter. GTP‑bindende proteiner (GTPaser) og andre regulatoriske proteiner fra bælgplanter. Sekvens af expressed sequence tags (Ests) i Lotus japonicus.

Jan Trige Rasmussen: Karakterisering af MUC15's tilstedeværelse i mælk, med henblik på at klarlægge proteinets sundhedmæssige og fysiologiske betydning. Identifikation, evaluering og dokumentation for tilstedeværelse af de rotavirus‑inhibitoriske komponenter i et højmolekylært valleproteinpulver. Lactadherins fosfatidylserinbindende egenskaber studeres in vitro og in vivo med henblik på, at introducere en ny noninvasiv imaging agent til detektion af apoptose (lactadherin‑projektet sker samarbejde med Lise Falborg og Michael Rehling, Århus Universitetshospital, Afdelingen for Klinisk Fysiologi og Nuklearmedicin; Michael R. Horsman og Jan Alsner, Aarhus Universitetshospital, Afdeling for Eksperimentel Klinisk Onkologi; Gary E. Gilbert, Harvard Medical School, Boston, MA, USA; Christian W. Heegaard, Molekylærbiologisk Institut, AU).

Ole Rasmussen: Udvikling af somatiske hybrider ved cellefusion. Analyse af DNA‑markører i planter. Molekylærgenetiske analyser af stivelsessyntese i kartoffel.

Leif Schauser. Annotation of non‑coding RNAs in the complete genome sequence of Lotus japonicus. Design of an Affymetrix dual genome GeneChip (Lotus ‑ Mesorhizobium). Computational identification of of miRNAs and target mRNA in Lotus japonicus.  Association study of breast cancer in the Icelandic population.

Thomas Schmitt‑John: Identification and analysis of the motor neuron disease gene wobbler of the mouse. Investigation of male sterility due to globozoospermia in mice. Prediction of micro RNA targets and the experimental validation of the predicted targets.

Lars Sottrup‑Jensen og Gregers Rom Andersen: Strukturbestemmelse af komplementkomponenterne C3, C5, og C6, og alfa2‑makroglobulin.

Esben Skipper Sørensen: Oprensning, struktur og funktion af proteiner fra mælk. Struktur‑ og funktionsstudier af osteopontin. Immunologiske effekter af osteopontin på humane immunceller. Applikation af osteopontin i fødevarer og nutraceuticals.

Søren Skou Thirup: Strukturelle studier af komponenter i den mitokondrielle proteinsyntese. Strukturelle studier af intermediære nukleotidkomplekser i den af EF‑Ts katalyserede exchange‑reaktion for EF‑Tu. Strukturelle studier af extracellulære receptor‑domæner fra NOD‑faktor‑receptorer og Vps10p‑receptorfamilien.