Lise Hannestads forskning udmærker sig især gennem to markante spor: dels antikkens 'græske' relationer med Orientens kulturer, dels periodens arkæologi omkring Sortehavet.

Det første spor går tilbage til hendes disputats fra 1983, hvor hun i forbindelse med publicering af keramikken fra en helligdom på Failaka i Den arabiske golf, udgravet ved P.V. Globs og G. Bibbys ekspeditioner, kunne påvise, hvorledes Alexander den Stores erobring af perserriget og den efterfølgende græske politiske dominans i området fik betydning for selv så dagligdags ting som keramik. Lise Hannestads forskning fik international bevågenhed, og der opstod en international forskergruppe omkring hende.

Det andet spor i Lise Hannestads forskning, som har vakt international opmærksomhed, er hendes sortehavsforskning. Den har sat sortehavsforskning på dagsordenen i Vesteuropa og har bidraget til, at russiske kolleger blev bekendt med nye vestlige, arkæologiske resultater og teorier. Hendes initiativer på dette område førte i 2002 til, at Aarhus Universitet modtog en grundforskningsbevilling til netop Sortehavsforskning. 

Lise Hannestad har desuden ydet en stor indsats inden for dansk og europæisk forskningspolitik og forskningsadministration, ikke mindst som medlem af mange råd, bestyrelser, udvalg og væsentlige videnskabelige selskaber.

Læs om de øvrige prismodtagere 

• Professor, dr.scient. Flemming Besenbacher
• De syv modtagere af Aarhus Universitets Forskningsfonds ph.d.-priser