De nationale centre har særlige opgaver inden for samarbejde og videnudveksling med myndigheder
og erhvervsliv. Der oprettes fem nationale centre af denne type:

• DCL - Nationalt Center for Kultur og Læring
  DCL - Danish Centre for Culture and Learning
  
  
• DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi
  DCE - Danish Centre for Environment and Energy
  
  
• DCA - Nationalt Center for Fødevarer og Jordbrug
  DCA - Danish Centre for Food and Agriculture
  
  
• DCH - Nationalt Center for Sundhedstjenesteforskning og Sundhedsøkonomi
  DCH - Danish Centre for Public Health and Health Economics
  
  
• DCP - Nationalt Center for Partikelterapi
  DCP - Danish Centre for Particle Therapy
  
  

Det først førstnævnte placeres under Arts, det andet og tredje placeres under Science and Technology, mens de to sidstnævnte placeres under Health.
For hvert center udpeges en centerdirektør/centerleder afhængigt af bl.a. centerets størrelse og profil.

Den pågældende skal besidde faglig ekspertise inden for centerets område, referere til dekanen for
hovedområdet og samarbejde tæt med prodekanen for videnudveksling. Centeret er den organisatoriske ramme, der koordinerer og kvalitetssikrer de forskningsbaserede myndighedsopgaver og øvrige videnudvekslingskontrakter på fagområdet og styrer den tilhørende økonomi. Centeret bemandes med et begrænset antal videnskabeligt kompetente medarbejdere, der fungerer som projektejere og koordinatorer. Centrene understøttes af det administrative center, der er dedikeret til det pågældende hovedområde.

Centrene får midler stillet til rådighed gennem den relevante ministerieaftale og gennem aftaler med andre offentlige myndigheder og private samarbejdspartner foruden en grundbevilling for de næste fem år.

Centrene rekvirerer og finansierer efter aftaler med relevante institut- og centerledere den nødvendige fagkundskab og projektledelse inden for hovedområdet til udførelse af centrenes videnudvekslingsopgaver.

Dog kan centrene også henvende sig til institutter og centre uden for hovedområdet.
Vicedirektøren for AU Viden, som referer til universitetsdirektøren og i faglige spørgsmål til universitetsledelsen, varetager universitetets forhandlinger og kontraktindgåelse med myndigheder i et tæt samspil med universitetsledelsen – både hvad angår de generelle myndighedsopgaver og de mere specifikke videnudvekslingsopgaver. Vicedirektøren stiller endvidere den nødvendige juridiske og økonomiske specialkompetence til rådighed for centrene og sikrer i øvrigt den strategiske udvikling på hele videnudvekslingsområdet på universitetet.