Universitetsdirektøren indgår i rektoratet, der er Aarhus Universitets øverste ledelse. Universitetsdirektøren har primært ansvar for det administrative område.

Rektoratet består desuden af rektor Lauritz B. Holm-Nielsen, der tiltrådte i 2005, prorektor for det akademiske område, Nina Smith, der tiltrådte den 1. maj 2007, og prorektor for det strategiske område, Søren E. Frandsen, der tiltrådte den 1. juni 2008.

Rektoratet fungerer som en enhedsledelse, hvor rektor har det overordnede ansvar, og hvor de øvrige medlemmer af rektoratet bistår rektor inden for definerede særlige ansvars- og opgaveområder.

Universitetets daglige ledelse omfatter desuden de ni dekaner.

Rektoratets centrale strategiske udfordringer er:

• At arbejde for, at Aarhus Universitet har en stærk placering i samfundet og yder et væsentligt bidrag til dettes udvikling
• At styrke den strategiske tværgående ledelse og koordination af universitetets uddannelser, forskning, videnspredning og kommunikation – i et tæt samarbejde med hovedområderne
• At udvikle organisationen og sikre et proaktivt lederskab på alle niveauer – et lederskab, der er kendetegnet ved at være dynamisk, udfordrende og konsekvent
• At forstærke universitetets profil som et attraktivt arbejdssted med et inspirerende studie- og forskningsmiljø, der nationalt og internationalt tiltrækker de allerbedste medarbejdere, studerende og samarbejdspartnere
• At sikre uddannelser på højeste akademiske niveau kombineret med optimale gennemførelsesforløb for de studerende, forskning i topklasse med hensyn til kvalitet og formidling samt en effektiv og velfungerende administration